Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, - download pdf or read online

By Dr. Hans-Joachim Böckenhauer, Dirk Bongartz (auth.)

ISBN-10: 3322800431

ISBN-13: 9783322800435

ISBN-10: 3519003988

ISBN-13: 9783519003984

Detailliert, theoretisch fundiert und zugleich anschaulich durch viele Beispiele erlernen Sie die grundlegenden Fragestellungen der Bioinformatik und die zugehörigen algorithmischen Methoden.
Die Bioinformatik hat in den vergangenen Jahren eine immer höhere Aufmerksamkeit erhalten. Großprojekte wie das Human-Genom-Projekt sind hierbei nur der Beginn einer stetigen Weiterentwicklung dieser fruchtbaren Zusammenarbeit von Informatik und Biologie.

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Die Konstruktion des String-Matching-Automaten Mp fUr ein gegebenes Muster P = Pl .. 2 benotigt Zeit in O{I:EI . m 3 ), da der Automat fUr P genau m + 1 Zustande hat, und fUr jeden Zustand und jedes Eingabesymbol die Bestimmung der Transition Zeit in O{m2) erfordert. Es ist aber auch eine Methode bekannt, mit der es gelingt, den String-Matching-Automaten Mp in Zeit O{I:EI·m) zu konstruieren. Diese Konstruktion ist technisch relativ aufwandig, und wir werden sie deshalb hier nicht vorstellen (vgl.

5 definierten Overlap dadurch, dass hier die beiden Strings s und t sich auch vollstandig fiberlapp en dUrfen. Nun konnen wir die Transitionsfunktion eines String-Matching-Automaten wie folgt bestimmen. = Pl ... Pm E ~m fUr ein beliebiges Alphabet ~. Wir definieren den String-Matching-Automaten fii,r pals den endlichen Automaten Mp = (Q,~, qo, 15, F), wobei Q = {O, ... 4. Sei p t5(q,a) = av(Pl ... pqa,p) ffir alle q E Q und a E~. 2 Konstruktion eines String-Matching-Automaten Eingabe: Ein Muster P = PI ...

Wir definieren nun noch eine spezielle Art von Baumen, bei denen der Grad der Knoten beschrankt ist. 13. Ein gerichteter Binarbaum ist ein gerichteter Baum, in dem jeder innere Knoten einen Ausgangsgrad von 2 hat. Ein ungerichteter Binarbaum ohne Wurzel ist ein (ungerichteter) Baum, in demjeder innere Knoten den Grad 3 hat. Haufig mochte man in einem Graphen den Kanten oder Knoten noch irgendwelche Beschriftungen hinzuftigen, in diesem Fall spricht man von kantenbeschrifteten bzw. knotenbeschrifteten Graphen.

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Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und Komplexität by Dr. Hans-Joachim Böckenhauer, Dirk Bongartz (auth.)


by Paul
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